ใช้เป็นอาหาร มีการนำเมล็ดถั่วเหลืองที่ไม่แก่หรือสุกเต็มที่มาต้มรับประทานที่เรียกกันว่าถั่วแระ ซึ่งจะให้รสชาดหวานมันและมีประโยชน์อย่างมาก หรือนำถั่วเหลืองที่แก่จัดมาใช้ทำเป็นอาหารคาวหวานต่างๆ เช่น ซุปถั่ว ทอดมันถั่วเหลือง ผัดถั่วเหลืองเต้าหู้เห็นหอม น้ำเต้าหู้ หม้อแกงถั่ว และขนมถั่วกวน เป็นต้น หรือถั่วบางพันธุ์มีเมล็ดโตใช้บรรจุกระป๋อง เมื่อเมล็ดสุกแล้วก็ใช้ทำถั่วงอกซึ่งให้ลักษณะต้นถั่วงอกคล้ายถั่วเขียว หรืออาจใช้หมักทำเต้าเจียว เต้าหู้ ซีอิ้ว หรืออาจใช้ผลิตเป็นแป้งแล้วปรับปรุงให้เป็นเนื้อคล้ายเนื้อสัตว์ซึ่งเรียกว่าเนื้อเทียม โดยอาจทำให้มีลักษะเป็นเนื้อไก่ วัว ไก่งวง แฮม เบคอน ฯลฯ ก็ได้ นอกนั้นแป้งถั่วเหลืองใช้ผสมหรือปรุงอาหารได้หลายชนิด เช่น ทำขนมต่างๆ อาหารทารก ฯลฯ นอกจากนี้ถั่วเหลืองยังมีน้ำมันซึ่งสามารถสกัดจากถั่วเหลืองใช้เป็นน้ำมันในการปรุงอาหารหรือทำมาการีนและน้ำสลัด